1923年（大正十二年），黃順興出生於員林郡坡心庄（今彰化縣埔心鄉）的農村，歲時進入舊館公學校就讀。小學畢業後在保正的兒子蔡啟書推薦下前往日本半工半讀，進入九州熊本縣矢部農業學校。

黃順興在日本就學時由於嚮往中國，曾選修漢語，並在1941年（昭和十六年）5月至8月以學生身分前往滿州國旅遊學習。1943年（昭和十八年），黃順興畢業於日本熊本農業高等學校農科，在畢業前經歷了父親的死亡，考取日本政府與汪精衛政權合辦的棉花推廣機構技術員，同年從神戶前往在上海江灣棉花改良場任職，曾一度被派往羅店鎮，見到日本軍隊侵略中國後的慘狀。也在日本投降後見到國民黨軍政人員接收上海的貪汙腐敗。1945年10月自上海回到台灣基隆。在二二八事件中，黃順興遭到檢舉，一度逃亡。

1951年，黃順興前往台灣東部拓荒。於1957年當選台東縣議員，進入台東縣議會。

1950年代，黃順興參加台灣民主運動，支持中國統一，明確反對台獨。黃順興參加競選，三次出任台東縣議會議員，因敢於直言而得綽號「黃大炮」。

在台東縣議員任內，黃順興目睹議會裡充滿黨意的情形。到第二次選舉時黃順興就遭到中國國民黨散發傳單渲染為中國青年黨人（青年黨就是反對黨，反對黨就是反對分子，不能選他），反而使黃順興認識了青年黨成員，獲邀加入。

1964年，黃順興以無黨籍的身份當選台東縣縣長，任內由於親近農民，有「平民縣長」的美譽。1980年，黃順興創辦《生活與環境》雜誌，此為台灣首個環保刊物。他還曾經擔任台北富利冷凍儀器公司總經理，並且自1972年起連任兩屆立法委員。他和一批知識分子常抨擊時政，受到中國國民黨當局的打擊迫害。第三次競選立法委員失敗後，他移居日本。

1981年，在康寧祥協調下，黃順興退出彰化縣長選舉支持黃石城，並發表公開信推薦黃石城。

黃順興曾參與《公論報》的維持經營，是台灣白色恐怖時期中國國民黨迫害新聞自由的見證者之一。緣此，他常被中國國民黨渲染為中國青年黨人（抹黑宣傳：青年黨就是反對黨，反對黨就是共產黨）。與李萬居、郭雨新等人相熟的他，在臺灣黨外運動史上具有一定地位。其支持中國統一的政治立場，則與李萬居略異（李萬居反共），與郭雨新相反（郭雨新台獨）。

1975年，黃順興的女兒黃妮娜在日本留學時一度前往中國大陸，滯留一個半月。立刻引起國民黨政府特務的注意，[3]:196在黃妮娜返台後，黃順興彰化及台北的住家即遭到侵入搜索，並且在黃妮娜向境管局提出出境申請後，即遭到扣留，被迫在1000W強光前不分晝夜輪流訊問70多小時，要求黃妮娜承認去中國是受到黃順興的任務指示。連黃順興也被警總副司令阮文章等人疲勞轟炸，要求黃順興承認派黃妮娜前往中國大陸。最後黃妮娜在海外台灣留學生抗議下被判刑三年。

1985年，黃順興利用到美國探親的機會赴中國大陸。1986年在北京定居，任中國農業科學院顧問。1986年10月9日，中共中央總書記胡耀邦會見從台灣來大陸定居的黃順興、張春男。[4]胡耀邦在此次會見中，希望黃順興到全國人大或全國政協參加國家的政治生活。此前，中共中央統戰部曾經派人登門拜訪黃順興，提議他出任全國政協委員，但他表示會拚命去做中國農業科學院顧問的事，暫不參加全國政協。黃順興對給從台灣來大陸定居的人安上全國政協委員頭銜、發錢養起來的做法有看法，不願僅僅充當裝點門面的「食客」。中共中央統戰部了解到他的態度後，經中共中央書記處書記習仲勛批准，決定提名黃順興為全國人大代表，由湖北省選舉。但中共中央統戰部副部長武連元向黃順興說明該提議時，黃順興回答說：「這樣不行，我不是湖北人，又沒有在湖北工作過，怎麼去當湖北省的人民代表？局外人一看就知道這是一種『安排』。我當人大代表，應由台灣同胞選舉。當『安排』的人大代表，會影響我在台灣同胞中的形象。」中央遂接受了黃順興的意見，後由全國人大台灣代表團選舉黃順興為第七屆全國人大代表，並且當選為第七屆全國人大常委會委員。

1988年3月28日，第七屆全國人民代表大會第一次會議在人民大會堂召開。這次會議也是全國人大首次在過道上為代表準備麥克風，每隔一、二十米豎立一個麥克風。在通過七個專門委員會組成人員時，黃順興走到麥克風前大聲說：「我反對！」隨後他講到反對周谷城出任教科文衛委員會主任委員的理由：「我不認識這位候選人，但從簡歷上看，他已八十有九。這麼大歲數的人，不應該再辛勞他了。應該讓他好好保重身體。難道就沒有年輕人為國家做事？」發言持續1分多鐘，主席台上的鄧小平等領導和全體代表聆聽了發言。黃順興發言完畢，獲得全場的熱烈掌聲。在意見表達程序結束後，進入表決，大會主席說出「反對的請舉手」時，會場上零零落落舉起手，其中台灣代表團有黃順興、吳國禎、劉彩品三個人舉手反對。後來統計顯示，此次選舉有11人投反對票，61人投棄權票，周谷城最終仍當選為教科文衛委員會主任委員。這是自1954年第一屆全國人民代表大會召開以來，在全國人民代表大會歷史上第一次出現公開的反對票，創造了中國大陸政治歷史的新頁。此後，全國人民代表大會上出現反對票成為常態。

此外，黃順興還為促進全國人民代表大會制度的發展做出了許多重要貢獻。1988年，黃順興提議全國人民代表大會設立代表秘密投票處，該建議當即獲得採納。原先全國人民代表大會沒有大會發言這項內容，黃順興提出，無論小組討論如何，大會是全體代表溝通的最後機會，該權利不可剝奪，最終大會發言這條被寫入人大議事規則。黃順興在全國人大常委會提出，允許記者進入大會會場採訪，他說：「人大號稱最高權力機關，類似現代國家的國會，國會怎麼可以不許記者進會採訪？國會討論的情況怎麼可以不馬上傳播出去與大眾見面？外面的意見怎麼可以不迅速返回來？如果這些都沒有，怎麼能具代表性？要建立這樣一個循環，媒體記者是少不了的。世界上無論哪個國家，包括獨裁的蔣介石政府都有，為什麼人民民主的共和國反而沒有？」全國人大常委會委員長萬里很快接受了黃順興的意見，開放了記者室。

1992年，在第七屆全國人民代表大會第五次會議上，黃順興要求公開發言，表達對三峽工程的不同意見，但遭到阻撓，黃順興等25名全國人民代表大會代表憤而退席。1993年，黃順興辭去了全國人大常委會委員職務。[6]晚年，黃順興繼續關心中華人民共和國的農業及環保工作、積極建言獻策，為促進兩岸同胞交流做了大量工作，繼續堅持一個中國的原則，反對台獨。

2002年3月5日，黃順興在北京因心臟病逝世，享年79歲。3月13日，遺體在八寶山革命公墓火化。