1897年3月，「西本願寺」就買了位在新起町的土地2,500坪，準備興建台北佈教場，但到了1900年獲得本山（即教派總部）撥付25,000圓資金之後，才真正開始著手進行建築工程，興建面對所、集會所及宿舍各1棟，由田村佐太郎的田村組承攬施工，契約金額28,494圓，經費不足部分則向信徒募款。

1900年5月3日，台灣最大的日式仿唐佛寺「西本願寺」正式開工，隔年9月15日竣工，完工後，以面對所作為第1代的本堂，集會所兼做為事務室及輪番所，9月22日舉行入佛式，台北佈教所升格為「台北別院」。

當時的台灣總督兒玉源太郎送了一塊他寫著「樹心佛地」的匾額給「西本願寺台北別院」，於1903年1月10日掛於集會所。

創建之初，寺院東側的台北城城牆（今中華路）尚未拆除，有鐵路及水溝經過，因此寺院入口設在今西寧南路的方向。

幾年之後，總督府公告最新的台北市市區改正計畫，「西本願寺」才發現本堂、鐘樓和集會所恰好都落在道路預定地上，只好再另起計畫建新的本堂，於1908年4月先買下鄰地1,850坪，以供日後遷建之用。

遷建工程是由御廟所最先開始，於1920年勘定位置完成後，隔年10月8日動工，1922年8月13日舉行上棟式，1923年2月17日落成舉行慶讚法會。

接著是會館於1922年6月20日動工，由高賴與助承攬興建，隔年2月10日竣工，總坪數108.8坪，為磚造建築，完工後命名為「樹心會館」，做為舉辦演講等集會場所。

鐘樓亦於1922年11月16日動工，由大石熊太郎承攬興建，隔年1月16日舉行上棟式，2月17日與新落成的御廟所、會館一起舉辦慶讚法會。

當時，輪番（即寺院的住持）是住在集會所裡面，1924年1月11日淩晨2時，集會所的浴室突然起火，大火一發不可收拾，把整棟集會所包括裡面儲存的藏經、重要書籍，連同兒玉源太郎寫的「樹心佛地」匾額全部燒毀。

火災之後，「西本願寺」決定興建獨立的輪番所供輪番居住，新輪番所於1924年5月開工興建，也是由大石熊太郎承攬建造，工程經費7,500圓，9月7日落成。因遭遇過失火的教訓，為防萬一，「西本願寺」特別為後來第2代的本堂含佛具投保25萬圓的火險，御廟所也投保了24,000圓，其餘建物59,000圓，合計共333,000圓的火災保險，1年的保費就要繳給保險公司601.1圓。

至於本堂部分，「西本願寺」於1925年3月29日成立建築計畫委員會，開始商議第2代本堂新築事宜，但因輪番佐佐木芳照調任北美開教總長，使得委員會暫停運作。

1927年2月，新任輪番芝原玄超上任後，才又繼續展開討論，確定本堂建築造型將採用紫宸殿型，工程預算為25萬圓，並儘速展開募款。到了12月29日建築委員會決議，聘請總督府營繕課長井手薰擔任最高顧問，並委由松井角平的松井組承攬工程，隨即展開設計工作。

松井組創業於1586年，第1代的松井角右衛門就開始從事營建業，傳到了松井角平已經是第15代。1923年因關東大地震燒毀的「西本願寺築地別院」，其重建工程就是由松井角平承攬興建，而設計者則是松井角平就讀東京帝國大學時的老師伊東忠太。

1929年初，「淨土真宗本派本願寺台北別院」申請改名為「台灣別院」，於2月2日核准升格。在新建第2代本堂的進度方面，松井組於1930年1月29日提交本堂設計圖，經委員會審查後，與松井組協商希望能將價錢壓低在23萬圓以內，在井手薰出面交涉斡旋下，雙方先於3月4日簽下草約，6月12日簽訂本堂興建工程正式契約，7月25日盛大舉行起工式後工程全面展開，並在1931年5月10日舉行上棟式，同年12月31日竣工，隔年1月7日舉行入佛式，本堂部分全部完工。

「西本願寺第二代本堂」建坪有302坪，正面寬度為18.82間，約34.22公尺，分為7跨，高度為76尺，約23.03公尺，形式與京都的本山格局類似，給人一種遼闊感。建物分為階上及階下兩層，階上為全木造，如京都紫宸殿的宮殿建築，建材採用台灣產的紅檜木；室內分外陣與內陣兩部分，樑柱裝飾雕工精細，挑高的廟堂空間更突顯莊嚴氣勢。本堂基座為防蟻害採鋼筋混凝土造，階下看似為單純的廟堂基座，其實內部配置有圖書室、會議室、事務室、輪番室、娛樂室、獨身室、食堂、湯沸場、倉庫等空間，床、書櫃、衣櫥等各式生活設施俱全。

新建附屬設施部分包括庫裡和山門，庫裡是寺院儲藏及調理食物的地方，庫裡新建工程於1933年11月11日開工，由浦田永太郎的浦田組承攬興建，同年12月19日舉行上棟式，1934年4月10日完工，總工程費3萬圓。

最後，山門於1934年1月17日開工，由川本澤一的川本組承攬，採用台灣檜木打造，3月16日舉行上棟式，並趕在4月10日的吉日一起與庫裡竣工。

為慶祝新建本堂、山門和庫裡全部大功告成，「淨土真宗本願寺派」第22代宗主大谷光瑞，指派他弟弟大谷光明來台灣主持慶讚法會；於4月16日抵達台北，隔日主持法會後，又花了半個月的時間巡迴該教派在台灣各地的寺院，大谷光明於回日本前，在本堂前種下一棵梢楠木。

前後歷經30餘年才完工的「西本願寺台灣別院」在當時也成為台北市民的重要公共空間，如台灣第一代西畫家陳植棋的追悼會便在此舉行，像是楊三郎、藍蔭鼎、石川欽一郎等人都出席；而深具美術涵養的地22代門主大谷光瑞，也曾在此舉辦他收藏的陶器展。

終戰之後，日本佛教隨著日人引揚，匆忙地退出了台灣。

中華民國接管後，「西本願寺」與附屬建築被「警備總司令部第二處」佔用，甚至連交響樂團都搬進去了。1949年起，再演變成為大量中國移民落腳的地方，陸續有陸軍第6軍的眷屬及退伍軍人入住，能佔到房子的算幸運，佔不到房子的，在庭院裡隨意搭起簡易的棚子就克難住下來，名為「中華新村」。

1955年2月，又加入被從大陳島強迫撤退搬遷來台灣的居民，繼續加蓋成大片的違章建築群。另外，還有從中國來的理教也打「西本願寺」的主意，動用關係要求把本堂撥給該教作為總公所之用；1955年11月，「中華理教總公所」正式遷入，改名為「清心堂」，堂外則仍是雜亂不堪的大雜院。

1975年4月5日下午5時，「西本願寺台灣別院」本堂南側的簷角突然冒出火苗，隨後大火一發不可收拾，到了晚上火勢才被控制，本堂階上木造建築全部被火夷平，僅存階下鋼筋混凝土的部分，附近200多戶違建亦受到波及。

歷史影響：

2005年，台北市政府發放違建戶拆遷補償費，並協助安置到國宅後，「西本願寺」的大片違建終於在7月20日拆除，只保留原寺院所屬建築，隨後進入古蹟鑑定階段，但又在這敏感時刻，「樹心會館」於8月3日淩晨5時無故起火，把木造屋頂燒個精光，只剩下被火燻黑的紅磚牆。

最後，市府仍決定將殘存的「西本願寺」遺跡指定為古蹟。相較於17年前台北市政府教育局不顧文史人士的反對，執意拆除東門附近的「東和禪寺」大殿，在原址興建「青少年育樂中心」高樓，這次的處理則有了較圓滿的結果。

「西本願寺」走過百年歲月，如今已成殘跡，被列為歷史古蹟，雖然是遲到的補償，但仍然具有積極的意義，這代表著我們對於未來的祝福，讓下一代可以藉此感受到這一代人用心傳承歷史的努力。

（資料來源，參考：維基百科、Tony的自然人文旅記、《林小昇之米克斯拼盤》）