早年

1836年3月18日，馬雅各生於英國蘇格蘭首府愛丁堡卡農門（Canongate）附近，父親是蘇格蘭自由教會的長老。馬雅各兒童時期因爬至屋頂水塔處，不慎跌傷，住院治療，由著名醫生 Syme 照顧，中年之後，為脊椎疾病所苦，懷疑是童年時受傷所導致。馬雅各的童年就是在蘇格蘭自由教會的教育系統裏被教養長大。

約翰·諾克斯（John Knox，1514年－1572年11月24日）是蘇格蘭長老會的創立者，他領導宗教改革，導致1560年蘇格蘭宣布廢棄天主教信仰，接納新教。1561年起，約翰·諾克斯曾於愛丁堡住了11年。長老教會主義在蘇格蘭形成的過程並不順暢，大約經過130年大量流血和犧牲，甚至導致戰爭的慘痛經驗，直到1690年才成為蘇格蘭國教。

蘇格蘭啟蒙運動(Scottish Enlightenment)漸漸軟化了剛硬的喀爾文宗教狂熱，開啟了「以人為本」以及「歷史」和「人性」的主題討論，他們主張人性最基本的要素，包括道德理念都會受到不同時空和地理因素的牽動而不斷演化，今日大家公認的「自然科學」—動物比較學，遺傳學、演化學、醫學；「社會科學」—人類學、人種起源、社會學、歷史學、經濟學都深深地受到這場蘇格蘭啟蒙運動的影響，而蘇格蘭教會也逐漸趨向世俗化。

到了1843年，由於不滿蘇格蘭長老教會世俗化，包括公理會、浸信會、衛理公會開始推動宗教覺醒，嚴守安息日教規，1203名蘇格蘭國會教牧師當中的474名牧師反對政府對教會的干涉與控制，由 錢伯思 (Rev. Thomas Chalmers, 1780-1847) 領導脫離國會教，另外成立總會，是蘇格蘭自由教會(Free Church of Scotland)的開始。自由教會的會友信奉加爾文主義，嚴守長老制，也力行福音的宣教。

蘇格蘭長老教會派遣無數的宣教士到世界各地宣教，比方說有：到麻六甲宣教的米憐(William Milne,1785-1822)牧師，他創立最早的一份中文的期刊「察世俗每月統記傳」；到非洲去初傳福音的李文斯頓(David Livingston, 1813-1873)，到中國、美洲布道的賓為霖(1815－1868)牧師，他把屬靈的經典「天路歷程」翻譯成中文；赴中國宣教的羅約翰(John Ross, 1842-1915)牧師，他把新約聖經翻譯成韓文；去廈門傳教的杜嘉德牧師；曾得到1924巴黎奧運400米金牌及200米短跑銅牌的李愛銳(Eric Henry Liddell，1902－1945）牧師,後來在中國宣教。而來到台灣的蘇格蘭宣教師有馬雅各、李庥，甘為霖，巴克禮，蘭大衛，梅監務等更是不勝枚舉。

求學時期

爭 (1839年9月4日至1842年8月29日)之後簽訂《南京條約》，清政府將香港島永久割讓給英國，並開放沿海的廣州、福州、廈門、寧波、上海五處港口，進行貿易通商。

清政府與英法第二次鴉片戰爭 (1856年至1860年)之後簽訂《天津條約》，內容包括增開牛莊、登州、台灣（今台南安平舊港）、淡水、打狗（今高雄港）、潮州（後改汕頭）、瓊州、南京及鎮江、漢口、九江為通商口岸，同時，英法人士可在內地遊歷及傳教，而鴉片改稱洋藥，可自由買賣及進口。當時英國興起一股中國熱，而台灣（今台南安平舊港）、淡水、打狗（今高雄港）這幾處也在開放通商口岸的名單中。1860年，在廈門的英國長老教會宣教師杜嘉德（Douglas Carstairs）建議，將台灣列入醫療傳道的宣教區，安排醫師背景的宣教士前往。

1860年，馬雅各尚未獲得 M.D.學位前，已取得愛丁堡 LRCP 和 LRCS 資格，在倫敦Brompton Consumption Hospital擔任住院醫生 6 個月。

1861年，馬雅各在英國伯明罕General Hospital醫院擔任住院醫生，他在此時認識其夫人，於此同時，他為百老匯長老教會(Broad Street Presbyterian Church)會員，教會牧師為 Rev. Mackenzie 。

馬雅各在一次教會聚會中，遇到從中國廈門回國的杜嘉德牧師，從那裏，他第一次聽到台灣（Formosa）的名字，當時馬雅各只有27歲，剛與Mary Anne Goodall小姐訂婚，並決定離開故鄉、辭去伯明罕的優沃薪水，自願前往福爾摩沙（台灣）。他剪下一綹頭髮，送給摯愛的未婚妻，以表思念不捨之情，與杜嘉德一同搭船飄洋過海，踏上前往台灣遙遠的路程。

1863年8月，馬雅各跟隨杜嘉德牧師從英國搭乘「波羅乃西號」(Polmaise)出發，經過好望角(喜望峰)，渡過印度洋，終於在12月4日抵達上海英國租界。馬雅各在此參觀了教會、醫院，也會見教會中的宣教前輩。

1864年1月2日，抵達廈門，學習語言。

1864年10月5日，馬雅各與杜嘉德牧師、吳水文、2位信徒在打狗（今高雄港）登陸，探尋在臺灣宣教的可能性，考察後認為府城臺南的人口遠比打狗還多，最適合作為宣教的起點和中心。10月30日一行人返回廈門。

1865年5月28日，馬雅各正式為基督長老教會傳教士與醫生雙重身分，搭乘 Meta 號在臺灣打狗登陸，同行的人有杜嘉德牧師、吳水文、陳子路、黃嘉智、廈門會友李西霖、王阿炎。2-3天後，馬雅各進入府城(臺南)，在北勢街（台南市神農街）天利行奈.麥斐兒(Mr. Neil Mcphail) 家作賓客[4]。

1865年6月16日，打狗海關 William Maxwell 頂讓他所租的台南府城看西街一屋給馬雅各，選擇作為布道所(今台南市中西區仁愛街43號)，開始傳道醫病，傳道方式則是行醫為主，傳教為輔。1865年6月16日成為英國長老教會在台灣開始設教的日子，並為全台紀念日。

7月9日，馬雅各遭到當地漢醫的排擠，並有說他取人心、眼睛來製藥的謠言出現，受到挑撥的民眾，包圍醫館，揚言拆除禮拜堂，並出手攻擊教會的人，終至引發大暴動，是為「看西街事件」，知縣請馬雅各在3日內撤離。馬雅各在府城落腳才短短23天，不得不轉移陣地。

馬雅各只好轉往有英國領事館保護的打狗旗後街（今高雄旗津附近），租下一間店面，1865年7月16日由杜嘉德牧師主持開事禮拜，繼續行醫傳教。不久，杜嘉德牧師就返回廈門。

11月，由英國商人必麒麟(William A. Pickering)帶領馬雅各進入旗山附近的木柵、拔馬和台南附近的玉井、左鎮、崗仔林等平埔族地區傳教而大受歡迎，並設立教會。

1866年6月，他在旗後山腰買地建立聖殿，這就是臺灣基督長老教會的第一座正式禮拜堂─「打狗禮拜堂」，即現今「旗後教會」的前身。7月23日，英國長老教會在廈門的宣為霖牧師（Rev.William Sutherland Swanson）來打狗，幫助馬雅各醫生5周。8月21日，宣為霖為陳齊、陳清和、高長、陳圍洗禮，這是台灣第一次洗禮儀式。

9月下旬，馬雅各在禮拜堂對面，開設可容納八張病床的醫館，堪稱臺灣第一所正式且稍具規模的西醫館。可惜，目前醫館已拆除。

1866年6月，馬雅各推薦萬巴德醫生 (Dr. Patrick Manson) 為中國海關醫員 (Medical Officer) ，駐打狗 (旗後) ，主要業務是診療外籍人士 (來任當時有16人) 及作氣象報告。他也協助馬醫生在旗後醫館的醫務，1869年，當馬雅各往台南府城，在旗後醫館就託萬巴德醫生來維持。

馬雅各的仁心仁術，遠近馳名，常有臺灣中部甚至澎湖遠道而來求醫的人，不少人因為病痛得到醫治，開始相信馬雅各所傳揚的福音真理。教會信眾急速增加，常有人遠從埤頭（鳳山）來到旗後做禮拜，1867年7月，他又在埤頭之北門外購屋，成立教會兼設醫館，是旗後的第一座西醫診所和禮拜堂，自己奔波於旗後、埤頭兩地。後來1867年12月13日李庥牧師夫婦（ Rev. Hugh Ritchie ）自英國來台協助。

1868年3月中旬，馬雅各經廈門及汕頭前往香港，在香港主教堂與Mary Anne Goodall小姐結婚，由宣維霖牧師（Rev. William Sutherland Swanson）主禮。

1868年（同治7年），李庥抵臺的第二年，台灣發生樟腦戰爭，引發台灣人排斥洋教洋人達高峰，教堂被毀，教民被殺，華洋交毆相繼發生。洋人認為地方官縱容，不尊重「條約」所給權益，屢次照會抗議。馬雅各赴香港結婚不久，4月11日，高長傳道受暴徒毆打、被監禁50日，而埤頭禮拜堂遭暴徒拆毀4月24日，莊清風傳道在舊城活活被打死。5月2日，馬雅各夫婦於返回台灣。6月，馬雅各和李庥聯名上書英國駐華公使阿禮國（Sirj. Rutherford Alcock）[7]，報告在台灣教會受迫害的情形，並請其設法交涉善處。阿禮國致總理各國事務和碩恭親王，經台灣府打狗領事調查後，要求清廷必須將兇犯從嚴懲治並將拆搶禮拜堂房屋、傢具按價賠補7百62元洋銀（禮拜堂之工料3百元洋銀、堂內之傢具等4百62元洋銀）。

1868年7月31日，埤頭重修禮拜堂，又被兵勇拆毀。英署領事古必勳（John Gibson）上任，認為事態嚴重，馳報香港請調兵船，先後有兵船3艘分泊打狗安平，名為保護洋人，實為要挾。9月3日，馬雅各被誣告與高長一起殺人埋骨於禮拜堂地下。總理各國事務衙門得報，指示閩省督撫派員會同英國領事迅速偵辦，於是福建興泉永海防兵備道曾憲德受委派專責辦理。曾憲德於11月8日抵台。11月25日，英兵官茄當（Lieut Gurdon）在安平開砲，翌日突襲安平協署，副將江國珍於負傷後服毒殉命；後亦向商民勒去兵費。至12月1日，曾憲德與吉必勳成立8 項協議，解決樟腦糾紛。

12月21日，馬雅各陪英艦 H.M.S.Rinald 號艦長 Lord C.Scott、平安領事 Mr.Gibson、廈門英領事 Mr. Robert Swinhoe往埤頭，和福州道台處理教會迫害事件，歷時 40天。最後清廷賠教會1千176元完案，承認傳教師在臺灣各地有傳教居住之權，及「將來如有糾紛，由中外會審」等傳教的保障，宣教士因而得到前所未有的發展空間。馬雅各決定重回台南府城，他在打狗的居所不幸遭到火災，失去了所有結婚禮物。

1868年12月26日，馬雅各帶著吳文水、高長回到台南，在城南二老口街(現今台南衛民街與北門街口，台南啟聰學校博愛堂附近)租得佔地一千四百坪大的許厝舊樓，設立一個規模更大的醫館，這座二老口醫館就是今日台南市東區東門路新樓醫院的前身，民間俗稱二老口醫館為「舊樓」醫院。6月26日，台南首批 7 人在二老口禮拜堂受洗，由李庥牧師施洗。

7月，馬雅各於熱鬧的亭仔腳街(台南市青年路由府城隍廟到民權路這一段，古名「府口街」，府指的即是府署，民間俗稱"亭仔腳街")，(亭仔腳是騎樓的意思，商業街屋退出騎樓空間讓行人可遮陽避雨，同時可以擺設貨物進行商業活動) 租得一民房，開設亭仔腳禮拜堂(現今台南市青年路111號)，亭仔腳禮拜堂是今日台灣基督長老教會太平境教會(台南市公園路6號)的前身。9月2日，亭仔腳禮拜堂5人受洗,由李庥牧師施洗。

1870年4月1日，設立木柵禮拜堂，約120人參加禮拜。4月12日，馬雅各夫婦拜訪木柵2周。1871年1月8日，馬雅各主持開設可容納200人之柑仔林禮拜堂，當天約100人參加禮拜。1月15日，參加拔馬新禮拜堂獻堂。2月10日，徳馬太醫生(Dr. Matthew Dickson)來府城協助，他是英國長老教會駐臺第2位醫療宣教師。

馬雅各發覺單純、樸實的原住民，對福音的接受度比漢人高，因此，在臺期間，足跡遍及玉山及中央山脈，翻山越嶺，深入平埔族各 部落行醫傳道。短短幾年，他把英國長老教會的福音種子，散播到臺灣大甲溪以南的中南部地帶，設立了三個教區：第一教區，南區西拉雅族（木柵、左鎮）；第二教區，中區和雅族（白河、嘉義）；第三教區，北區巴宰族（埔里、豐原、神岡）。

馬雅各在台灣服務期間，發現小小的海港村鎮，運鴉片的船隻多過運糧食的船隻， 每當看到吸食鴉片者瘦弱無神的面孔，就十分心痛。後來他回英國後，寧受毀謗攻擊，也要反對英政府販售鴉片給中國。

1871年，馬雅各夫人Mary初次懷孕，因身體不適必須返英待產，馬雅各因事工纏身無法同行，3月19日，懷孕的馬雅各夫人獨自搭船返回英國，沿途顛簸辛勞，母子健康均有損傷。4月，馬雅各與湯姆森自廈門來台，8月7日，馬雅各報告記載，從事台語新約聖經翻譯。

1871年11月，馬雅各離台，由德馬太醫生(Dr. Matthew Dickson)接替二老口醫館的工作。

1871年12月5日，馬雅各的長子馬士敦(台灣譯:馬約翰, John Preston Maxwell)出生於伯明罕，而馬雅各此時尚未抵達英國。馬雅各返英之後，因多年勞累健康大損，無法再回台灣。

1883年12月23日，馬雅各帶著腰部關節的病痛與夫人再度返台，英國母會余饒理先生夫人也來台。

1884年10月20日，馬雅各夫人生病，中法戰爭爆發，馬雅各與夫人搭乘最後一艘船離開，前往廈門。此次馬雅各夫妻在台灣停留不到一年，因為健康問題只好重返英國。1885年4月，馬雅各夫妻返回英國。